Tras salir del armario en 2006, Harris presentó a su pareja, David Burtka, quien ha realizado algunos papeles menores en la televisión (The West Wing) y actualmente se desempeña como chef. Y, tras seis años de relación, ambos han elegido las redes sociales para hacer partícipe al mundo de la que serán padres de mellizos en los próximos meses.
 
La pareja contaba que están contentos y que estarían esperando a gemelos para este otoño, y quienes a la vez se mostraban confiados en que la prensa respete su privacidad con referencia a la llegada de sus bebés.
 
"David y yo estamos esperando gemelos para este otoño. Estamos muy exaltados, nerviosos y emocionados. Esperamos que la prensa pueda respetar nuestra privacidad", declaró el actor que se hizo conocer por su rol en la serie El pequeño doctor.
 
Actualmente es uno de los protagonistas de la serie How I Met Your Mother.