Actualmente existen en Uruguay cuatro museos nacionales: el Museo Nacional de Historia Natural, el Museo Nacional de Artes Visuales, el Museo Histórico Nacional y el Museo Nacional de Antropología. 

El Sistema Nacional de Museos cuenta con un Registro Nacional de Museos, creado en 2013, que exige para su ingreso ciertos requisitos que, en ocasiones, los museos nacionales uruguayos no cumplen.

Según datos recogidos por el diario El Observador, de los 232 museos que existen actualmente en Uruguay, solo el 20% está ingresado en el Registro Nacional. Entre las causas está la falta de funcionarios y controles.