"En lo personal espero rendir al máximo y dar todo por Peñarol. Llego con la ilusión de conseguir cosas muy importantes con esta camiseta", agregó.

Núñez es un jugador con gran experiencia y que tiene todas las condiciones para transformarse en crack en Peñarol. Inició su carrera en el Danubio. Después tuvo un paso en el fútbol suizo con el Grasshopper. Jugó cuatro temporadas en el fútbol suizo y salió dos veces campeón. Luego fue transferido al Atlético de Madrid donde no tuvo continuidad e hizo tan solo dos goles.
En 2005 se fue para el Cruz Azul de México. En 2006 jugó en el club Pachuca donde salió campeón, anotando el penal que le daría el titulo a este equipo. A la temporada siguiente volvería al Cruz Azul ante los reclamos de la hinchada, pero no pudo concretar una competencia decorosa. Se fue al América donde jugó poco y nada y recibió muchísimas críticas.
En 2008 su pasaje por el fútbol mexicano estuvo marcado por problemas contractuales, hasta llegar finalmente a Peñarol.