Aunque todavía no se sabe qué equipos uruguayos clasificarán a la Copa Sudamericana, el sorteo estableció que el equipo que ocupe la posición de "Uruguay 1" enfrentará en la fase eliminatoria al Blooming y definirá la serie de local

Mientras tanto, "Uruguay 2" jugará ante el Cienciano y definirá la serie como visitante.

Los equipos uruguayos que clasifiquen a la Sudamericana saldrán de la Liguilla que comenzará a disputarse ni bien culminen las finales del Campeonato Uruguayo.

"Uruguay 1" será el campeón uruguayo, siempre y cuando termine entre los cuatro primeros de la Liguilla. El equipo que termine tercero en el certamen pre-copas ocupará la posición de "Uruguay 2".

Esta edición de la Copa Sudamericana no contará con la participación de equipos de la Concacaf por una decisión de las autoridades de dicho organismo.

La fase eliminatoria se divide en tres grandes grupos. Uno compuesto exclusivamente para los argentinos, otro para los brasileños y el restante con cruces internacionales entre equipos del resto de los países sudamericanos. De estas tres series resultarán clasificados 15 equipos, a los que se les sumará Internacional de Porto Alegre, el último campeón. Así se determinarán los 16 clubes que jugarán los octavos de final.


Copa Sudamericana 2009 -  Fases eliminatorias y cuadro de octavos de final

Fase Eliminatoria
Paraguay 2 (Cerro Porteño) vs. Bolivia 1 (La Paz FC)
Colombia 2 (CD La Equidad) vs. Chile 1 (Unión Española)
Chile 2 vs. Colombia 1 (Deportivo Cali)
Venezuela 2 (Zamora FC) vs. Ecuador 1
Ecuador 2 vs. Paraguay 1 (Libertad)
Uruguay 2 vs. Perú 1 (Cienciano)
Bolivia 2 (Blooming) vs. Uruguay 1
Perú 2 (Alianza Atlético) vs. Venezuela 1 (Dvo. Anzoátegui)

Fase Eliminatoria de Argentina
Argentina 6 (River Plate) vs. Argentina 1 (CA Lanús)
Argentina 5 vs. Argentina 2
Argentina 4 vs. Argentina 3

Fase Eliminatoria de Brasil
Brasil 8 (Fluminense) vs. Brasil 1 (Flamengo)
Brasil 7 (Atl. Paranaense) vs. Brasil 2 (Botafogo)
Brasil 6 (Atlético Mineiro) vs. Brasil 3 (EC Goiás)
Brasil 5 (EC Vitoria) vs. Brasil 4 (Curitiba FC)