Su llegada fue en 1999, consiguiendo el tri campeonato con el conjunto tricolor entre 2000, 2001 y 2002. En esa primera etapa convirtió 54 goles.

Luego su carrera continuó en España, donde pasó por el Osasuna y el Málaga. Con estos equipos, recuerda, logró compartir campo de juego con grandes figuras del fútbol mundial como Ronaldo, Zidane, Beckham, y Roberto Carlos, quienes se desempeñaban en el magnífico y multicampeón Real Madrid.

Y fue justamente con el lateral brasileño con quien tuvo uno de los tantos cruces dentro de una cancha de fútbol. Morales recuerda que al momento de entrar a la cancha, Roberto Carlos le dijo "yo no te conozco, no sé quien sos", como modo de burlarse, cuando en realidad sí se conocían. Una y otra vez el jugador del conjunto "Merengue" lo incitó al "Chengue", diciéndole cosas como "no sabés ni cuánto pesa una Copa del Mundo" o "no conocés una pelota de Champions". Esta actitud hizo enojar al extricolor, que no dudó en darle un golpe de puño al lateral de la selección brasileña.

Entre los momentos más emocionantes de su peregrinar por el mundo del fútbol, pueden recordarse los goles a Australia en 2001, que posibilitaron que Uruguay volviera a participar de un mundial tras 12 años de ausencia. El "Chengue" declaró que en los días previos a la revancha que terminaría 3-0 a favor de los celestes "estábamos todos cagados".

En Corea y Japón también fue protagonista con un gol convertido y uno increíble errado, en aquella espectacular remontada contra Senegal que finalizó 3 a 3. Durante ese entretiempo, Morales y Darío Rodríguez fueron a intentar presionar a los senegaleses. Pero cuando quisieron entrar al vestuario "y perdimos. Habían tres negros el doble que yo, y como entramos salimos".

El "Chengue" tuvo un segundo pasaje en Nacional durante la temporada 2007-2008, y si bien volvió con sus goles, no consiguió títulos. Dicho pasaje en el conjunto tricolor estuvo marcado por aquél clásico en el cual Morales terminó expulsado y tirando su camiseta a la tribuna América, donde había hinchas de Peñarol. El exjugador dice "no borraría esa tarde de mi vida. Porque eso me enseñó muchas cosas. Que uno a veces con calentura no soluciona nada y con embroncarse tampoco. E intentar agarrársela con los demás tampoco. Esas son las cosas que te enseña la vida".

Se retiró en 2009, dejando un buen reguero de anécdotas en más de una década de carrera profesional.

Actualmente se encuentra dedicado a la actividad empresarial con su discoteca "Live" en Las Piedras.