El 4 de junio se realizará el sorteo para conocer los cruces entre los 32 mejores de la Copa Sudamericana. Será a las 20:00 en el Centro de Convenciones de CONMEBOL en Luque, Paraguay.

Los seis mejores equipos de la primera fase del certamen irán al bombo 1, con los 10 que recalaron de la Libertadores (los ocho terceros y los mejores dos de la fase previa 3).

En ese bombo 1 aparecen Cerro, Defensor Sp., Nacional y Peñarol.

El segundo bombo tendrá al resto de los participantes, con la presencia uruguaya de Boston River y Rampla Juniors.

Así quedaron conformados los bombos:

Bombo 1: 
Banfield (Argentina)
Colón de Santa Fe (Argentina)
Defensa y Justicia (Argentina)
Bolívar (Bolivia)
Jorge Wilsterman (Bolivia)
Vasco da Gama (Brasil)
Deportes Temuco (Chile)
Junior de Barranquilla (Colombia)
Independiente de Santa Fé (Colombia)
Millonarios (Colombia)
El Nacional (Ecuador)
Sport Huancayo (Perú)
Cerro (Uruguay)
Defensor Sporting (Uruguay)
Nacional (Uruguay)
Peñarol (Uruguay)

Bombo 2: 
Defensa y Justicia (Argentina)
Lanús (Argentina) 
San Lorenzo (Argentina)
Atlético Paranaense (Brasil)
Bahía (Brasil)
Fluminense (Brasil)
San Paulo (Brasil)
Deportivo Cali (Colombia)
Deportivo Cuenca (Ecuador) 
Liga de Quito (Ecuador)
General Díaz (Paraguay)
Nacional (Paraguay)
Sol de América (Paraguay)
Boston River (Uruguay)
Rampla Juniors (Uruguay)
Caracas (Venezuela)