El proyecto modifica la lista de excepciones del tratado y las medidas mexicanas sobre importaciones y exportaciones. Además introduce reformas en materia de reglas de origen, varía las reglas específicas y adiciona un artículo sobre acumulación de origen ampliada.

Las modificaciones se fundan en consideraciones de orden político-comercial para la obtención plena de los beneficios establecidos en el tratado original firmado en 2003. El texto del protocolo establece que el anhelo es otorgar mayor flexibilidad para que las empresas reestructuren sus procesos de manufactura, a fin de mejorar la competitividad y eficiencia productiva con respecto a insumos y ampliar las oportunidades de exportación para las industrias de ambos países.