Las relaciones de los militares con los partidos políticos abarca varios capítulos y sentencias críticas, así como el desinterés del sistema político y en particular del gobierno para investigar los crímenes cometidos en dictadura.

"El evidente desinterés político respecto de la judicialización de las graves violaciones de los derechos humanos, que en cierta medida también se verifica en el plano de la memoria, la reparación y las garantías de no repetición, dio lugar a una serie de fracasos. Como un intento tardío de reacción se creó una fiscalía especializada en los crímenes del pasado reciente", expresa el informe.

En lo que hace a la relación de los uniformados con el gobierno, particularmente con el MPP, se señalan aspectos críticos. Por ejemplo en lo relativo a la sanción aplicada al Comandante en Jefe del Ejército, se afirma: "La propuesta de destitución fue abandonada debido a la intervención de la vicepresidente Lucía Topolanski, siguiendo la línea del sector liderado por el ex presidente José Mujica. Finalmente, Guido Manini Ríos fue sancionado con 30 días de arresto a rigor".

El informe recuerda que "durante el gobierno de José Mujica se habían producido pronunciamientos, esta vez del general Bonilla, con relación a los procesamientos de militares por delitos cometidos durante la dictadura.  El militar fue sancionado por el Ministerio de Defensa Nacional, aunque después el Ministro Fernández Huidobro se preocupó de aclarar a la prensa que estaba de acuerdo con el contenido de esos dichos de Bonilla".

Serpaj sostiene que "el problema es más grave si se piensa que las divisiones eran bastante evidentes dentro del partido de gobierno, donde, además de que la vicepresidente abogó a favor de una sanción más leve, el ex presidente Mujica declaró que creía "que el presidente estuvo bien pero el comandante también estuvo bien"10. La extrema ambigüedad de la afirmación no parece hacer otra cosa que reflejar las dudas presentes en la izquierda acerca de cómo enfrentar una potencial insubordinación, así como la particular relación que los principales referentes del Movimiento de Participación Popular han desarrollado con los militares".