El C.E.N.I es una escuela habilitada que sigue estrictamente los programas de la enseñanza pública, debiendo pasar sus alumnos por un examen de egreso antes de su graduación. Su sistema de educación se basa en la Metodología Natural e Integral, creada por la maestra uruguaya Cledia de Mello, quien propuso una forma de enseñanza diametralmente opuesta a la tradicional.

Etorena sostuvo que "se trata de un trabajo integral desde el punto de vista pedagógico", en donde no se evalúa a través del método tradicional, y bajo la "búsqueda de un equilibrio entre inteligencia y afectividad". A su vez, la directora ejemplificó varios métodos de enseñanza en las materias de lengua y matemáticas.