En referencia a los desaparecidos en la dictadura cívico- militar, Bonilla expresó que en 2011 "por una ley que llevó a la no prescripción de los delitos militares, el Uruguay se perdió un momento muy importante para esclarecer esas situaciones, porque nadie va a hablar para ir preso. No puede haber verdad y justicia. Con la prescripción mucha gente se iba a ver liberada de su conciencia e iba a dar datos para el esclarecimiento de esos hechos".

Sobre la reforma del Servicio de Retiros y Pensiones de las Fuerzas Armadas –más conocida como Caja Militar- Bonilla opinó que "hay que hacer una reforma, pero una que sea lógica para los militares, acorde a la 'Ley Orgánica'. Los militares hicieron un proyecto de ley, que se adecuó bastante a esas leyes, y creo que el Gobierno debería verlo, dar las directivas para actualizar ese proyecto de acuerdo a los intereses políticos y se lleve adelante. Para modificar esto no consultaron a ningún militar. Por ejemplo, el artículo ocho habla de grados que en las Fuerzas Armadas hace años ya no existen".

El entrevistado consideró que la reforma de la Caja Militar desestimula totalmente a la carrera militar, porque "no es aplicado a la faz militar". Además, expresó que "no lo asesoraron bien al presidente para elevar ese proyecto, porque tal cual está presentado, los que tienen más de veinte años se van a ir aprovechando la ley vieja, los que están próximos van a pensarlo. Este proyecto tiende a que las Fuerzas Armadas desaparezcan".

"Las Fuerzas Armadas son una institución piramidal. Hay un comandante en Jefe, jefes generales, coroneles, y el grueso es el personal subalterno. La reforma dice que no se aplicará a aquellos que no cumplan los veinte años, y justamente la parte operativa está en menos de veinte años. No tienen incentivos. Hoy un soldado gana $15.000 full time, sin nocturnidad, mientras que por ejemplo un policía cuando ingresa cobra $30.000 y trabaja 8 horas", alegó Bonilla.

Consultado sobre si conoció tareas de espionaje a políticos, periodistas y dirigentes sindicales en plena democracia, Bonilla aseguró que "en la Fuerza Aérea siempre se mantuvo en el orden. Lobos solitarios en algunos casos quizás lo hayan hecho, pero yo no tengo ninguna información".

Sobre su labor durante gobiernos de izquierda, el entrevistado aseguró que "los militares estamos acostumbrados a la lealtad. Si bien uno tiene una intención política, no la manifiesta. Luego de que hablan las urnas, hay que alinearse con el que el pueblo eligió, y debemos ser leales a eso".

En marzo de 2017 el PC invitó a Bonilla a participar activamente de la actividad partidaria. "No me quiero apresurar, tengo otros temas pendientes. Quiero hacer algo para devolver a la sociedad todo lo que me dio", manifestó el militar.